Diffusé le 10 juillet 2020
Alors que la France vient de mettre un terme à l’état d’urgence sanitaire, et que l’épidémie de Covid-19 semble sous contrôle, les taux de virus SARS-CoV-2 dans les eaux usées repartent à la hausse dans différentes régions de France. Est-ce le signe d’un redémarrage de l’épidémie ?
Depuis le début du mois de mars, le taux de virus présents dans les eaux usées des stations d’épuration d’Île-de-France fait l’objet d’un suivi systématique par des équipes impliquant notamment Eau de Paris et Sorbonne Université. Ce travail a déjà fait l’objet d’une publication montrant les effets positifs du confinement sur la population parisienne : les traces de virus ont baissé drastiquement dans les effluents d’égouts jusqu’à devenir indétectable entre la mi-mai et la mi-juin.
Or, depuis quelques semaines, ces valeurs repartent à la hausse. « On suit les concentrations du virus dans les eaux usées d’Île-de-France depuis début mars, explique Sam Azimi, directeur adjoint de l’innovation au Service public de l’assainissement francilien (SIAAP). Il y a d’abord eu un pic, très lié au nombre de cas ; puis il y a eu une baisse significative vers fin avril : les résultats immédiats du confinement. Mais les résultats de mi-juin montrent une augmentation sensible de l’ARN viral dans les eaux usées. »
Même tendance à l’autre bout de la France – à Montpellier – par une autre équipe. « Depuis la semaine dernière, on a observé une légère augmentation, note Franz Durandet, de la société de biotechnologie IAGE, missionnée par Veolia (en charge du retraitement des eaux usées de la région), avec le soutien de l’IRD. Mais pour le moment, on attend encore au moins une à deux semaines supplémentaires pour vraiment être sûrs que cette augmentation n’est pas simplement due à l’arrivée du flux touristique dans la région. »
Malgré l’éloignement et des dynamiques démographiques très différentes entre ces deux régions, les tendances observées de part et d’autre sont très comparables. Mais que dire de ces relevés ? « Il y a clairement un lien entre la quantité de virus que l’on trouve dans les eaux usées et la présence d’une épidémie, précise Samuel Alizon, épidémiologiste et spécialiste des maladies infectieuses. Mais il existe encore beaucoup d’inconnues liées au délai entre le moment où une personne est infectée et le moment où les diarrhées apparaissent et que le virus se retrouve dans les eaux usées. Je pense qu’il y a aussi des inconnues sur la capacité de la méthode à effectuer un échantillonnage qui ne soit pas biaisé. Est-ce qu’on va arriver finalement à mélanger assez les échantillons pour avoir une vision homogène et pas seulement surreprésenter quelques infections ? (...) Dans quelle mesure une augmentation brusque peut-elle être liée à une augmentation de l’épidémie ? C’est compliqué à dire, tant pour des raisons biologiques que pour des raisons techniques. »
Hausse record à Montpellier
En attendant, l’équipe montpelliéraine – qui poursuit son travail de mesures quantitatives du virus Sars-CoV-2 pour le Syndicat mixte du bassin de Thau – vient d’obtenir des résultats encore plus élevés, équivalents aux taux de virus mesurés dans les eaux usées juste après confinement.
Les données (unités génomiques/L) recueillies début juillet à Montpellier montrent une hausse de présence du virus dans les eaux usées. Source : IAGE
Pour la société IAGE, ces données sont fiables, mais il faut encore pouvoir les interpréter. « Là, on est vraiment sur des données brutes, insiste Franz Durandet, de IAGE. Si on veut aller plus loin – et on va aller plus loin –, il va falloir travailler avec des modélisateurs pour arriver justement à cette étude statistique. »
Pour espérer pouvoir surveiller un éventuel rebond épidémique grâce aux eaux usées, le territoire est en train de se doter d’un observatoire national : Obépine (OBservatoire ÉPIdémiologique daNs les Eaux usées). À terme, 150 stations réparties sur tout le territoire devraient contribuer à assurer un suivi hebdomadaire, voire quotidien, des eaux usées françaises. « Il y a deux points d’importance pour que ce réseau Obépine fonctionne, note Sam Azimi, directeur adjoint de l’innovation au SIAAP. Il y a d’une part la mise en place d’une organisation à l’échelle nationale au travers des opérateurs qu’ils soient publics ou privés, pour pouvoir prélever de manière homogène, transférer ces échantillons dans les mêmes conditions, à des laboratoires qui sont capables de mesurer l’ARN viral dans ces matrices complexes que sont les eaux usées. Ça, c’est le premier point. Le deuxième point, c’est la méthode analytique : il est question qu’il y ait un consensus sur la méthode analytique à mettre en œuvre, pour pouvoir dénombrer une quantité génomique s’agissant de l’ARN viral du Covid-19 et surtout de pouvoir comparer les résultats obtenus et qu’il n’y ait pas de discussions sur la valeur obtenue. »
Réalisation : Yseult Berger
Production : Universcience
Année de production : 2020
Source : https://leblob.fr/videos/covid-19-et-eaux-usees-pourquoi-faut-il-rester-prudent
