Le Sars-Cov2 étant présent dans les selles, il est possible de suivre l'épidémie de Covid-19 en analysant les eaux usées.
02/07/2020 17:51 CEST | Actualisé il y a 11 heures
DEDMITYAY VIA GETTY IMAGES
L'épidémiologie des eaux usées permet de traquer la présence du coronavirus, de faire de "l'archéologie" et pourrait même aider à prévenir une nouvelle épidémie.
SCIENCE - Et si l’une des clés pour lutter contre la pandémie de Covid-19 se cachait dans nos toilettes? L’argument peut sembler étrange, pourtant des chercheurs dans le monde entier tentent depuis des mois de suivre à la trace le coronavirus dans les eaux usées.
“Dès le mois de janvier, le génome du Sars-Cov2 a été observé dans les selles des patients, à partir de là, en utilisant les connaissances acquises via d’anciens travaux, nous avons pu retrouver, dès le mois de mars, la présence de génome viral dans les eaux françaises”, explique au HuffPost Sébastien Wurtzer, microbiologiste virologue à Eau de Paris.
En traquant le coronavirus de cette manière peu orthodoxe, qu’on appelle ”épidémiologie des eaux usées”, il est possible de voir l’épidémie évoluer via la concentration de virus présent dans les analyses. “Nous avons été les premiers à montrer clairement une relation entre eaux usées et état sanitaire de la population”, précise le chercheur.
Mieux: le pic de concentration dans les eaux était détectable avant le pic hospitalier. Les résultats, fruits d’une collaboration d’Eau de Paris, de Sorbonne université et de l’Institut de recherche biomédicale des armées, ont été mis en ligne le 6 mai (mais pas encore revus par des pairs). De nombreuses équipes dans le monde cherchent maintenant à prévenir une résurgence du Covid-19 grâce à cette technique, ou encore à dater plus précisément le début d’une épidémie, même s’il faut parfois prendre ces résultats avec des pincettes.
Remonter le temps, mais avec précaution
Le 19 juin, des chercheurs italiens ont ainsi affirmé avoir détecté le génome du Sars-Cov2 dans des échantillons d’eaux usées datant du 18 décembre. En Espagne, une autre équipe croit même en avoir retrouvé des traces remontant à mars 2019. “Si vous congelez régulièrement des échantillons, vous pouvez les analyser pour remonter le temps”, explique Sébastien Wurtzer. Mais il faut faire bien attention, car le risque de contamination lors des analyses est important et des contre-analyses sont essentielles pour confirmer de tels résultats.
Pour comprendre, il faut détailler un peu la méthode. En France, les chercheurs utilisent un petit échantillon de 11 ml seulement afin de concentrer les particules virales. Grâce à une ultracentrifugeuse, le but est de “faire tomber toutes les particules, toutes les matières, au fond d’un tube”, précise le virologue. Dedans se trouvent possiblement des particules virales et donc le génome du Sars-Cov2.
“On va ensuite extraire les génomes des micro-organismes présents et, via les tests PCR, chercher à détecter celui du Sars-Cov2 en amplifiant le signal de celui-ci afin de le rendre détectable”, conclut Sébastien Wurtzer.
“Le risque, c’est de contaminer l’échantillon” avec une précédente analyse qui a déjà été amplifiée, met en garde le chercheur.
C’est pour cela qu’il est très sceptique face aux résultats espagnols datant de mars 2019. “Il n’y a qu’un échantillon positif sans confirmation, alors que les contaminations arrivent très vite, même si on fait attention. Ce type de communication nécessite impérativement des analyses complémentaires au vu de l’enjeu des résultats”, estime Sébastien Wurtzer. Si les mêmes mises en garde s’appliquent pour le cas italien face aux risques de contamination, la temporalité semble “complètement probable et pas vraiment surprenante”, commente-t-il.
Alerter avant le pic
En dehors de ce travail archéologique, il y a aussi un intérêt prédictif dans ces recherches. “Dans nos travaux, nous avons vu que la courbe épidémique était décalée par rapport à celle des hospitalisations”, détaille Sébastien Wurtzer. Logique: le virus se retrouve dans les selles quelques jours après l’infection. Et donc avant les premiers symptômes de la maladie, qui arrivent en moyenne cinq à six jours plus tard. Et, logiquement, bien avant une possible hospitalisation, qui a lieu plusieurs jours après le début des symptômes.
On pourrait donc imaginer un réseau de surveillance qui analyse quasiment en temps réel les eaux usées partout en France afin de vérifier s’il n’y a pas un regain de l’épidémie. “Actuellement, on observe d’ailleurs une circulation active qui montre que le coronavirus est toujours là”, précise le virologue.
Afin de réaliser ce suivi, “nous avons constitué un réseau avec des partenaires, baptisé ‘Obépine’, qui regroupe pour l’instant une trentaine de stations, avec pour objectif d’approcher la centaine rapidement”, espère Sébastien Wurtzer. “D’après nos modélisateurs, si celles-ci sont bien positionnées, cela nous permettrait de couvrir 50% de la population française en temps réel ou presque”.
Pour l’instant, plusieurs blocages, liés à la propriété des résultats, posent problème pour la remontée des informations aux autorités sanitaires. Mais si l’objectif est atteint, on pourrait imaginer une surveillance supplémentaire visant à vérifier que le virus ne se répand pas en dehors des clusters connus. “On peut également surveiller des zones ou communautés plus réduites, par exemple analyser les eaux usées des Ehpads”, explique-t-il. Cela permettrait ainsi d’éviter de réaliser de multiples tests PCR nasaux sur des populations à risque tant qu’il n’y a pas de trace du virus.
Infos complémentaires (liste non exhaustive)
http://ace.hendaye.over-blog.fr/2020/05/epandage-des-boues-arrete-au-jo-de-ce-matin.html
Des traces de coronavirus trouvées dans un échantillon d’eaux usées de mars 2019 à Barcelone
https://issues.fr/coronavirus-eaux-usees-barcelone/
